اهمیت و جایگاه رشته تولید و ژنتیک گیاهی به عنوان پایه و اساس رشته‌های مختلف کشاورزی کاملا محرز می‌باشد. هدف از ایجاد این رشته در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری، تربیت افرادی است که بتوانند به عنوان متخصص در زمینه‌های مختلف تولیدی، برنامه‌ریزی‌های منطقه‌ای و مطالعاتی و به عنوان مجری امور تحقیقات کشاورزی و یا به عنوان مدیر و مجری واحدهای تولیدی دولتی و خصوصی بخش کشاورزی، منشا خدمت باشند. با برنامه‌ریزی صحیح و دقیق و با استفاده از دانش متخصصین رشته زراعت، می‌توان به میزان هر چه بیشتر از زمین‌های کشور برای افزایش عملکرد در اراضی آبی و دیم و ارتقا کیفیت محصولات زراعی بهره‌برداری کرد.
رشته به‌نژادی گیاهی یکی از گرایش‌های مهم و اساسی در مجموعه مهندسی کشاورزی به شمار می‌آید. ایران کشوری است که از توانمندی‌های خوب بالقوه و بالفعل کشاورزی برخوردار بوده و کشاورزی در برنامه‌های توسعه کشور از محورهای اصلی است. به منظور نیل به خودکفایی در تولید مواد غذایی و صنعتی لازم است متخصصینی تربیت شوند که بتوانند با استفاده از دانش و تجربیات خود، تولید اقتصادی گیاهان زراعی را به طور علمی امکان‌پذیر سازند و از امکانات موجود در کشور جهت به‌نژادی محصولات زراعی حداکثر استفاده را نموده، در امور تحقیقات و آموزش و برنامه‌ریزی کشاورزی نیز خدمت نمایند. اصلاح نباتات یکی از گرایش‌های مهم و اساسی در مجموعه مهندسی کشاورزی به شمار می‌آید. بررسی تنوع ژنتیکی از طریق نشانگرهای مولکولی، بهبود صفات کیفی محصولات جهت جلوگیری از تبعاتی نظیر گرسنگی پنهان، انجام برنامه‌های تلاقی و مطالعات مولکولی و سیتوژنتیکی هیبریدهای درون و بین گونه‌ای، افزایش مقاومت به تنش‌های زیستی و غیر زیستی، برخی از مهم‌ترین اهداف اصلاح گیاهان به شمار می‌روند.
در عصر امروز، اگرواکولوژی از نظر علمی جایگاه ویژه‌ای را به خود اختصاص داده و یکی از اولویت‌های رشته‌های کشاورزی محسوب می‌شود. آشکار شدن پیامدهای منفی ناشی از سیستم‌های متداول از جمله تغییر اقلیم، آلودگی‌های زیست محیطی، افزایش مقاومت آفات و افت کیفیت محصولات، ضرورت تاسیس این رشته را اجتناب‌ناپذیر کرده است. هدف از تربیت دانشجویان کارشناسی ارشد اگرواکولوژی، کسب توانایی‌های لازم جهت آنالیز اکوسیستم‌های زراعی و به کارگیری فناوری‌های بوم سازگار در ابعاد منطقه‌ای و ملی می‌باشد. متخصصین این بخش با یادگیری راهکارهای تخصصی و رویکرد به سیستم‌های کشاورزی اکولوژیک می‌توانند در زمینه حفظ پایداری تولید گیاهان زراعی و تامین سلامت جامعه، کشت ارگانیک و تولید محصولات استاندارد، رویکرد به بوم‌نظام‌های کم نهاده و سازگار با طبیعت جهت تولید گیاهان دارویی، مثمرثمر بوده و در سیاست‌گذاری‌های کلان و بلند مدت، جوابگوی نیازهای مبرم جامعه باشند.