بخش مدیریت مناطق بیابانی به عنوان هسته اصلی دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست، با مجوز شورای گسترش آموزش عالی از سال ۱۳۷۵ با مدیریت جناب آقای دکتر علی مراد حسن لی با پذیرش ۶ دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد در رشته مدیریت مناطق بیابانی کار خود را شروع نمود. در سال ۱۳۸۳ با موافقت شورای گسترش آموزش عالی رشته مهندسی مرتع و آبخیزداری راه اندازی گردید و از سال ۱۳۸۵ با پذیرش ۳۰ نفر دانشجو کار خود را آغاز نمود. در سال ۱۳۸۲ موافقت اصولی تأسیس دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست و در سال ۱۳۸۳ موافقت قطعی تأسیس رشته های مهندسی منابع طبیعی- محیط زیست و مرتع و آبخیزداری از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری اخذ گردید و پذیرش دانشجو در این دو رشته از مهرماه سال ۱۳۸۵ آغاز گردیده است.
هم اکنون (آمار مربوط به آبان ماه ۱۴۰۳) بخش مهندسی منابع طبیعی و محیط زیست، در ۲ رشته در مقطع کارشناسی، ۷ رشته در مقطع کارشناسی ارشد و ۳ رشته در مقطع دکتری دانشجو می پذیرد.