بخش زراعت و اصلاح نباتات دانشگاه شیراز با راه‌اندازی رشته کارشناسی زراعت و اصلاح نباتات در سال 1343 در محل دانشکده کشاورزی واقع در باجگاه تاسیس شد. این بخش با بیش از چهل سال فعالیت مستمر آموزشی و پژوهشی از قدیمی‎ترین بخش‎های آموزشی این دانشکده به شمار می‌آید. در این بخش رشته اصلاح نباتات در مقطع کارشناسی ارشد در سال 1347، رشته زراعت در مقطع کارشناسی ارشد در سال 1350، رشته زراعت در مقطع دکتری در سال 1381، رشته اصلاح نباتات در مقطع دکتری در سال 1386 و رشته شناسایی و مبارزه با علف‌های هرز در مقطع کارشناسی ارشد در سال 1387 نوگشایی شدند. در حال حاضر حدود 200 دانشجو در دوره‌های مختلف تحصیلی ارایه شده توسط بخش مشغول به تحصیل می‌باشند. بخش زراعت و اصلاح نباتات با داشتن 14 عضو هیات علمی دامنه وسیعی از تخصص‎های مرتبط با علوم زراعت و اصلاح نباتات از جمله زراعت، اکولوژی گیاهان زراعی، فیزیولوژی گیاهان زراعی، علف‌های هرز، ژنتیک کمی و مولکولی، اصلاح نباتات، بیوتکنولوژی، بیومتری و طرح‌های آماری را پوشش می‌دهد و دروس متعددی را به سایر بخش‎های دانشکده کشاورزی ارایه می‎دهد.

بخش زراعت و اصلاح نباتات  با بهره‌گیری از یک گلخانه اختصاصی، مزارع تحقیقاتی واقع در ایستگاه زراعی باجگاه و مرکز تحقیقات کشاورزی کوشکک متعلق به دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز، آزمایشگاه‌های تخصصی شامل آزمایشگاه غلات، آزمایشگاه فیزیولوژی گیاهان زراعی، آزمایشگاه علف‌های هرز و آزمایشگاه ژنتیک و اصلاح نباتات مولکولی، آزمایشگاه تکنولوژی بذر و همچنین کلکسیون غلات دانه‌ای معتدله برنامه‌های آموزشی و پژوهشی خود را اجرا می‌کند. بخش زراعت و اصلاح نباتات دانشگاه شیراز به لحاظ کیفیت آموزشی و پژوهشی در میان همتایان خود در سطح کشور جایگاه برجسته‌ای دارد. اعضای هیات علمی بخش زراعت و اصلاح نباتات تاکنون بیش از پانصد مقاله در نشریات علمی- پژوهشی و 300 مقاله نمایه شده درISI   به چاپ رسانده و حدود 400 مقاله در همایش‌های ملی و بین‌المللی ارایه نموده‌اند. همچنین بیش از بیست عنوان کتاب توسط اعضای هیات علمی بخش تالیف و یا ترجمه شده است. موجب خرسندی است که بسیاری از دانش‌آموختگان بخش در زمینه‌های اجرایی، آموزشی، پژوهشی و اقتصادی به موفقیت‌های قابل توجهی دست یافته‌اند.