بخش ماشین­های کشاورزی با هدف تربیت متخصصین در سطوح مختلف کارشناسی و به منظور  پاسخ­گویی به نیازهای فنی و مهندسی بخش کشاورزی استان و کشور فعالیت خود را از سال 1342 آغاز نموده است. این بخش تا قبل از سال تحصیلی 72-1371 فقط سه دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد داشته است ولی از آن تاریخ هر ساله در دوره کارشناسی ارشد تعدادی دانشجو پذیرفته است. به دنبال فعالیت­های پژوهشی متنوع در موضوع­های مختلف رشته، زمینه برای راه­اندازی دوره دکترا مناسب شد. به این ترتیب اولین گروه دانشجویان دوره دکتری در سال 1388 پذیرفته شد؛ در همان سال با توجه به نیاز استان به دانش آموختگان مکانیزاسیون کشاورزی، دوره کارشناسی این رشته نیز گشایش یافت. بر اثر افزایش دانشجویان دانش آموخته این رشته در سال­های اخیر بویژه در دوره های تحصیلات تکمیلی و با توجه به پیشرفت های انجام شده در صنعت و ضرورت به کارگیری آن ها در بخش کشاورزی، بازنگری محتوایی در دروس و رشته مکانیک ماشین های کشاورزی احساس شد تا این که با تلاش دانشگاه های مجری رشته در داخل کشور و انجمن مهندسی ماشین های کشاورزی و مکانیزاسیون ایران پیشنهاد تغییر عنوان و محتوای رشته در اسفند ماه 1391 به تصویب شورای عالی برنامه­ریزی آموزشی وزارت رسید و از مهرماه سال 1392 رشته مهندسی کشاورزی- مکانیک ماشین های کشاورزی و مهندسی کشاورزی- مکانیزاسیون کشاورزی ار رشته های وزارت حذف و رشته مهندسی مکانیک بیوسیستم در سه گرایش و مهندسی مکانیزاسیون کشاورزی نیز در سه گرایش در سه مقطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری به ترتیب جایگزین رشته های قبلی شدند.